Влиянието на болестите върху формиране на добива от соята зависи много от условията на външната среда (температура и влажност). По зависимост от причинителя те са гъбни, бактериални и вирусни. Обикновено не се води химическа борба с тях. Напада се и от неприятели: грудкови хоботници, сив цвеклов хоботник, огневки, трипс. За борба с тях се прилагат съответни препарати.
